病原生物学与免疫学实验室主要承担医学微生物学、免疫学、寄生虫学的实验教学，依托于基础医学院病原生物学、免疫学教研室，其前身是1956年重庆医科大学建校时建立的医学微生物学、人体寄生虫学教研室。1981年医学微生物学、免疫学获硕士学位授予权，1983年人体寄生虫学获硕士学位授予权。1999年医学微生物学及免疫学、人体寄生虫学实验室成为重庆市的首批合格实验室，2002年人体寄生虫学与医学微生物学一起以“病原生物学”课程批准为重庆医科大学和重庆市教委的重点建设课程。2005年病原生物学获博士学位授予权。2004年，根据“高等学校实验教学示范中心建设和评审工作的通知”（教高〔2005〕8号）精神，为使实验教学独立成为不依赖于理论教学的体系，基础医学院将所属实验室进一步整合，成立基础医学实验教学中心，实验室独立于各教研室进行实验教学。2007年学校进一步进行实验教学管理体制改革，成立了独立的“实验教学管理中心”，基础医学实验教学中心为下属二级管理单位，病原生物学与免疫学实验室成为基础医学实验教学中心下属实验室。2008年，基础医学实验教学中心被评为重庆市和国家教委高等学校实验教学示范中心建设单位，2011年通过验收，成为国家教委高等学校实验教学示范中心。

实验室由学校实验教学管理中心和基础医学院共同管理。实验室主任由病原生物学教研室杨致邦教授兼任，经过近年的建设，实验室已建立较完善的在独立运行新模式下的实验室管理规章制度，包括实验室主任、实验室负责人、教学秘书工作职责、教学安排工作流程、实验室仪器设备、低耗物质管理、生物安全管理、学生考试等规章制度。在实验室管理体系下，独立承担实验教学任务，运行良好。

实验室设有教学准备室3间，清洗消毒室1间，学生实验室12间，总面积为33750px2。其中，1间微生物学教学准备室为符合国家Ⅱ级实验室生物安全要求，重庆市卫计委备案的Ⅱ级生物安全（P2）实验室，4间学生实验室为符合国家Ⅰ级实验室生物安全的要求，重庆市卫计委备案的Ⅰ级生物安全（P1）实验室。实验教学设备较先进，具有厌氧培养装置和生物安全柜等设备。实验室已建立较完善的在独立运行新模式下的实验室管理规章制度。寄生虫学制作和保存有大量珍贵的人体寄生虫学标本。在实验教学中，充分利用网络，计算机实验软件和多媒体教学课件辅助教学。自制和购买实验教学光盘12部，自制“微生物学虚拟试验网络教学趣味软件”2件，初步构建了病原生物学虚拟仿真实验室。

在实验教学中除指导学生掌握基本实验方法与基本操作技术外，注重提高学生的科技创新能力。近年来学生课外科技活动获国家级大学生创新创业计划资助项目2项，参加大学生创新创业竞赛获全国一等奖1项，三等奖1项。主编实验教材2部，获市级教学改革课题2项，校级教学改革课题2项；校级教学成果一等奖1项，二等奖1项。公开发表及学术会议交流教学论文7篇，其中SCI收录1篇。实验室积极开展科学研究，近年主持国家自然科学基金项目3项（青年基金2项，面上项目1项），市科委项目1项。